Kedudukan astronomi mengakibatkan terjadinya percanggahan waktu sekitar 3 jam (yang lebih tepatnya 46 x 4 minit = 184 minit) antara bahagian paling timur dengan bahagian paling barat Indonesia.

Sejak tanggal 1 Januari 1988, di Indonesia pembahagian daerah waktu yang baharu dilakukan, menggantikan pembahagian waktu lama yang berlaku sejak 1 Januari 1964. Dengan berlakunya pembahagian daerah waktu baru ini, terjadi pergeseran waktu di beberapa tempat.

• Daerah Waktu Indonesia Barat (WIB). Waktu Indonesia Bahagian Barat berdasarkan meridian pangkal 105º BT, meliputi keseluruhan Provinsi di pulau Sumatera, seluruh Provinsi di pulau Jawa, Provinsi Kalimantan Barat dan Provinsi Kalimantan Tengah (mempunyai selisih waktu 7 jam lebih awal daripada waktu Greenwich).

• Daerah Waktu Indonesia Tengah (WITA). Berdasarkan meridian pangkal 120º BT, meliputi Provinsi Kalimantan Timur, Kalimantan Selatan, Bali, Nusa Tenggara Barat (NTB), Nusa Tenggara Timur (NTT), dan seluruh Provinsi di Sulawesi (mempunyai selisih waktu 8 jam lebih awal daripada Greenwich).

• Daerah Waktu Indonesia Timur (WIT). Waktu Indonesia Bahagian Timur berdasarkan meridian pangkal 135º BT, meliputi seluruh provinsi di Irian Jaya (Papua), Maluku, dan Maluku Utara (mempunyai selisih waktu 9 jam lebih awal daripada waktu Greenwich).